Жоба жетекшісі
Сандыбаев Нурлан Тамамбаевич
Ғылыми дәрежесі, атағы: биология ғылымдарының кандидаты, профессор
Хирш Индексі-8.
Scopus авторының идентификаторы: 37000362400
Researcher ID: AAO-4831-2021
ORCID: 0000-0003-1814-2798
Жоба туралы
Өзектілігі
Бұл жағдайда ауруларды, атап айтқанда вирустық респираторлық инфекциялар қоздыратын вирустар ерекше назар туғызады. ДДҰ мәліметтері бойынша этиологиясы әртүрлі вирустық респираторлық инфекциялар барлық жұқпалы аурулар арасында бірінші орындардың бірін алады, бұл әлемдегі барлық жұқпалы аурулардың 90-95% құрайды және жылына 2 миллионға жуық өлімге әкеледі.
Вирустық инфекцияларды анықтауға арналған зертханалық тәжірибеге NGS-ті енгізу әртүрлі жағдайларда, оның ішінде жұқпалы аурулар мен вирустық респираторлық инфекцияларда адамдардың вирустық құрамы туралы іргелі ақпарат алуға, сондай-ақ инфекциялардың таралуын эпидемиологиялық бақылаудың барлық жүйесін өзгертуге және дамытуға орасан зор әлеуетке ие. Бірізділікке тәуелсіз күшеюді NGS-пен біріктіру арқылы клиникалық үлгідегі вирустық және вирустық емес патогендерді белгілі бір мақсатты белсенді түрде бағдарламай анықтауға, сонымен қатар адамның иммундық жағдайы мен оның медициналық геномдық деректерімен қоса - таратушы туралы қосымша генетикалық ақпарат алуға болады. Бұл әдіс А тұмауы (IAV) және С гепатиті вирустарын сәйкестендіру мен геномдық сипаттамалары үшін сәтті қолданылды.
Жобаны жүзеге асыру нәтижесінде кездесетін вирустарды, олардың қасиеттерін - адамдарға қауіптілігін, инфекциялық әлеуетін, пайда болуын және басқаларын сипаттау арқылы вирустық респираторлық инфекциялар кезінде адамның жоғарғы тыныс жолдары виромының карталарын алу күтіледі. Алынған нуклеин қышқылдарының тізбегі вирустарды сәйкестендіру үшін талданатын болады; алынған дәйектіліктерін жинау және филогенетикалық талдау жүргізілетін болады; вирустық инфекцияларды диагностикалау үшін мультиплексті ПТР нұсқасымен салыстыру бойынша NGS әдісін бағалау жүргізіледі.
Жобаның мақсаты
Жедел респираторлық вирустық инфекциялар кезінде жаңа буындағы секвенирлеу (NGS) әдісімен адамның жоғарғы тыныс жолдарының вирустық әртүрлілігін зерттеу, сирек кездесетін, зоонозды, симптомсыз және бұрын кездеспеген вирустарды қоса алғанда қоздырғыштарды сәйкестендіру және адамның инфекциялық ауруларымен күресте практикалық қолдану үшін биоинформатика деректерін бағалау.
Күтілетін және қол жеткізілген нәтижелер
ПТР нәтижелері бойынша сынамаларда аденовирустар, коронавирус (HKU-1, OC43), риновирус және парагрипп вирусы 4 анықталды. Hаdv және HСоv 2 сынамада анықталды, ал HRv 4 сынамада анықталды және HPiv4 вирусы 27 сынамада анықталды. NGS әдісімен мұрын-жұтқыншақ шайындыларының 49 үлгісі секвенирленді. ЖРВИ-мен байланысты вирустар арасында энтеровирустар (16,3%, адам риновирусы, HRV-A), розеоловирус (14,3%, адам бетагерпесвирусы 7, HBV-7) лимфокриптовирус (8,16%, Эпштейн-Барр вирусы, EBV), және де TTV вирусы (Torque Teno вирус 16, 12) анықталды. ЖРВИ-мен байланысты фаг-иелерінің қатарына Streptococcus spp (32,7%), Pseudomonas aeruginosa (24,5%) және Burkholderia spp кірді. (20,4%). Симптомсыз және симптоматикалық қатысушылардың виромы Staphylococcus бактериофагтарымен (60,4%) көп мөлшерде көрсетілді. Вирустарды анықтау бойынша ПТР және NGS нәтижелері адам риновирусы үшін салыстырмалы түрде сәйкес келді. Адам парагриппі, аденовирус, бокавирус және маусымдық коронавирус сияқты басқа вирустар үшін корреляция төмен болды. RvA1B/KZ/2021/87 толық риновирус геномы жиналды, реттілік OP886969 ID нөмірі бойынша GenBank еңгізілді. Адам вирусының картасы жасаланды, ол адам вирустарынан (15 текті), эукариоттық (адам емес) қожайындық вирустардан (11 ұрпақ) және бактериофагтардан (28 тек) тұрады. Мақалалар Microorganisms (2022, Q2), PeerJ (2023, Q2), Microbiology Resource Announcements (Q4) журналдарында жарияланған және бір мақала PlusOne (Q2) журналында қарастырылуда.
Жарияланымдар мен патенттер тізімі
1. Sandybayev, N., Beloussov, V., Strochkov, V., Solomadin, M., Granica, J., Yegorov, S. Next Generation Sequencing Approaches to Characterize the Respiratory Tract Virome. Microorganisms. 2022, 10, 2327. https://doi.org/10.3390/microorganisms10122327 (WoS, Q2).
2. Sandybayev N, Beloussov V, Strochkov V, Solomadin M, Granica J, Yegorov S. Characterization of viral pathogens associated with symptomatic upper respiratory tract infection in adults during a low COVID-19 transmission period. PeerJ. 2023, 11:e15008. https://doi.org/10.7717/peerj.15008 (WoS, Q2).
3. Strochkov V., Beloussov V., Solomadin M., Granica J., Yegorov S., Orkara S., Sandybayev N. Full genome sequence of a human rhinovirus A1B, obtained in Kazakhstan. Microbiology Resource Announcements. 2023. https://doi.org/10.1128/MRA.00749-23 (WoS, Q4).
Әлеуетті пайдаланушыларға арналған ақпарат
Жоба аясында алынған ЖРВИ кезінде адамның жоғарғы тыныс жолдарының вирусын NGS секвенирлеуінің нәтижелері адамдағы респираторлық және респираторлық емес вирустық және бактериялық инфекциялардың алуан түрлілігінің нақты көрінісін көрсетті, оны антисептикалық әсерді жақсарту үшін пайдалануға болады. денсаулық сақтау қызметінің эпидемиологиялық және алдын алу шаралары.
Әлеуетті пайдаланушыларға арналған ақпарат
Жоба аясында алынған ЖРВИ кезінде адамның жоғарғы тыныс жолдарының вирусын NGS секвенирлеуінің нәтижелері адамдағы респираторлық және респираторлық емес вирустық және бактериялық инфекциялардың алуан түрлілігінің нақты көрінісін көрсетті, оны антисептикалық әсерді жақсарту үшін пайдалануға болады. денсаулық сақтау қызметінің эпидемиологиялық және алдын алу шаралары.
Зерттеу тобының мүшелері
Строчков Виталий Михайлович
Scopus Author ID: 37000312900
ORCID: 0000-0003-3399-2942
Белоусов Вячеслав Юрьевич
Ғылыми дәрежесі, атағы: биология ғылымдарының кандидаты
ORCID: 0000-0003-1922-156X
Соломадин Максим Валерьевич
Ғылыми дәрежесі, атағы: магистр
ORCID: 0000-0003-4219-1055