Институт Қазақ ұлттық аграрлық зерттеу университетінің базасында «Nachhaltiges RegionALMАnagement und Wertschöpfung zum Erhalt alter Apfelsorten в Казахстане и Кыргызстане „ALMA“ атты Германияның Федералдық экологиялық қоры қаржыландыратын жобасы негізінде құрылды.
Орталық Азия аймағы фауна мен флораның ерекше әртүрлілігімен ерекшеленеді. Экожүйелердің бар байлығын және биоәртүрлілікті болашақ ұрпақ үшін сақтау ұлттық және халықаралық күш-жігерді арттыруды талап етеді. Егер мұны жүзеге асыра алмасақ, жақын болашақта биоәртүрліліктің тұтастығы бұзылады және түрлердің жойылу қарқыны экспоненциалды түрде артады.
Қазақ-Герман экожүйелер мен биоәртүрлілікті қорғау институты Қазақстан Республикасы мен Орталық Азия аймағындағы экожүйе мен биоәртүрліліктің жоғалуын азайтуға ықпал ете алатын инновациялық жобаларды әзірлеу арқылы зерттеулерге, тәжірибеге және қоғамға үлес қосуға ұмтылады. Қажетті халықаралық білімдерді беруді Қазақстан мен Германия арасындағы ынтымақтастық қарым-қатынас растайды. Осы тұрғыда экожүйелер мен биоәртүрлілікті қорғаудың өңірлік құндылығын құру, студенттер мен жас ғалымдардың біліктілігін арттыру шаралары, сондай-ақ қоғам, саясат, бизнес және әкімшілік үшін коммуникациялық тұжырымдамалар әзірленеді.
Институт халықаралық және пәнаралық ынтымақтастық пен серіктестікті одан әрі дамытуға ашық.
Қазақ-Герман экожүйелер мен биоәртүрлілікті қорғау институты Қазақстан Республикасы мен Орталық Азия аймағындағы экожүйелер мен биоәртүрлілікті қорғау саласындағы бірлескен жобаларды жүзеге асыру үшін қазақстандық, германиялық және басқа елдердің сарапшыларын тартады.